این معاونت وظیفه مدیریت و برنامه ریزی و نظارت بر حفاظت کمی و کیفی منابع آب سطحی و زیرزمینی، مهندسی رودخانه ها و سواحل ، امور مربوط به مشترکین و بهره برداری و نگهداری از تاسیسات آبی را بر عهده دارد و دارای بخشهایی بشرح ذیل می باشد:
اين واحد وظيفه اجرا و نظارت بر حسن اجراي قانون توزيع عادلانه آب در زمينه منابع آب نظیر :صدور پروانه هاي حفر و بهره برداري ، جابجايي ، كف شكني ، افزايش يا كاهش قدرت منصوبات و دبي مجاز ، لايروبي ، ادامه پيشكار قنات و ...
- بهره برداري و نگهداری از تاسيسات آبي
يكي ديگر از وظایف معاونت حفاظت وبهره برداری ، مدیریت و نحوه نگهداری و بهره برداری از تاسیسات آبی شامل : سدهای مخزنی،سدهای انحرافی و تنظیمی، شبکه های آبیاری و زهکشی ، طرحهای تغذیه مصنوعی و طرح های تامین آب اجرا شده توسط دولت می باشد که ...
- واحد حفاظت آبهاي سطحي و مهندسي رودخانه ها
مهمترين وظايف اين واحد مديريت بر بهره برداري از رودخانه ها ، نظارت بر طرح های تعیین حریم و بستر و ساماندهی و كنترل سيلاب و پهنه بندي رودخانه ها، رسیدگی به اعتراضات تعیین حد بستر و حریم ، رسیدگی به در خواستهای مربوط به معادن شن و ماسه ميباشد...